auto.indices                package:unknown                R Documentation

    ~~ Clculo para ndices automatizados ~~

Description:

     ~~ Funo para automatizar clculo de diversidade do ndice de Shannon Wiener, de um conjunto de arquivos .txt contidos em um mesmo diretrio, 
criando uma tabela com os valores obtidos para cada arquivo. O arquivo consiste em uma planilha com dados de densidade de espcies amostrados em um determinado 
perodo ou a variao desejada, distribudas em colunas. A funo termina plotando um grfico da variao da soma dos grupos em um determinado perodo/coleta~~

Usage:

     ~~auto.indices=function(files)~~

Arguments:

 ~~Files	lista dos arquivos dos dados a serem lidos. Cada linha da tabela consite nas densidades das espcies 
		amostradas em ao longo de um perodo (a partir da 3coluna). Se <files> no for especificado, 
		<auto.indices()> ir calcular automaticamente a funo para todos os arquivos presentes no diretrio atual
		<getwd()> e us-los para importar os dados.~~ 

Details:

     ~~ O arquivo de entrada de dados, DEVE conter as duas primeiras colunas com os nomes dos grupos e das espcies respectivamente. 
	Os arquivos no precisam ter nmero de colunas e linhas iguais.
	Ao menos que <files> no seja especificado, todos os arquivos dentro do diretrio atual sero lidos.~~
	 

Value:

     ~~ df:		Tabela <data.frame> com os valores do ndice de Shannon Wiener. Para cada arquivo, ser salvo _index.txt ao nome original.
	mat.plot:	arquivo .txt com os valores das somas de cada grupo para cada arquivo.
	jpeg:		salva o grfico das somas de cada grupo por perodo. Para cada arquivo, ser salvo _plot.jpg ao nome original.


Warning:

     ~~ Para MacIntosh file.choose() e para Windows choose.files(). 
	which() para MacIntosh (a=="/"), para Windows (a=="\\").
	jpeg(..., type= "quartz") Para MacIntosh "quartz", para Windows "windows" ou "care"



Author(s):

     ~~ Bianca Reis Castaldi Tocci
	biatocci@gmail.com~~

References:

     ~Crawley, M. J. (2007). Data Input.  Chapter 3 of The R Book. eds M. J. Crawley. John Wiley & Sons, Ltd.~

See Also:

     ~~read.table() list.files() taply() barplot()~~~

Examples:

     	auto.indices()
	auto.indices("arquivo.txt")
	auto.indices("C:/Users/windows/Documents")

